米糠油的高脂肪酸高磷脂和高蜡含量导致纯粹的化学精炼或物理精炼都较难实施，米糠油中游离脂肪酸和蜡质的分离方式有很多，不过采用传统的化学精炼工艺会导致油脂中大量中性油损失，米糠油中的谷维素、生育酚等对人体有益的营养物质也所剩无几。
采用物理精炼到时能够达到理想的精炼效果，但是高磷脂和高蜡含量会致使在高温下油脂变成浅棕色，故而想要得到高质量营养价值高的米糠油，在进行脱酸、脱胶和脱蜡时有严格的要求。需要将磷脂含量降低到合适的范围内然后在进行其他精炼工艺。
通常来说米糠油中的游离脂肪酸含量不少于8%时，应该先脱胶、脱蜡然后在进行混合溶剂碱炼脱胶。一些油厂在精炼时会先将毛油与氯化钙水溶液混合处理，进行简单的脱胶和脱蜡，将油脂中的含磷量和含蜡量降低在合适范围内。
随后再进行物理精炼，对毛油进行水化脱胶，冬化脱蜡等工艺分离毛油中的磷脂、蜡质以及部分色素分离，使油脂的色值及质量达到理想的水平，油脂中谷维素、生育酚类和甾醇等营养物质也能大量的保留。油脂精炼得率在较高的水平，中性油损失也远低于常规物理精炼和化学精炼。
采用混合溶剂碱炼脱酸进行油脂脱酸，根据相溶的原理混合溶剂与米糠毛油充分接触进行碱炼脱酸能够提高脱酸效率，皂脚絮状沉淀能带走部分色素物质，但是会导致成品油色泽降低和部分营养成分流失。
对于这种高脂肪酸含量的油脂可采用混合油精炼工艺，先对油脂进行高温蒸馏脱酸降低油脂酸价，随后在进行碱炼脱酸。混合脱酸的优势在于能够较好地降低精炼过程中米糠油的损耗，水洗用水量少，废水废物产量低，节约了生产成本还可以实现混合油脱胶和脱蜡。
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